Ведомство контролирует экспортно-импортные товарные потоки, взаимодействует с компетентными ведомствами зарубежных стран и международными организациями, обеспечивает защиту от заноса в страну заболеваний животных, птиц и растений, выстраивает систему полной прослеживаемости производства и перемещения по территории России пищевой животноводческой и растениеводческой продукции, семян, посадочного материала, ветеринарных препаратов, кормов, а также пестицидов и агрохимикатов, занимается сохранением земельных ресурсов, развивает лабораторную сеть, поддерживает научные разработки, отвечает за ряд других компетенций в ключевых направлениях АПК.

Важная задача ведомства – создание единой информационной среды для учета, надзора и аналитики в сельском хозяйстве. Главные принципы работы – открытость, прозрачность и технологичность в целях защиты интересов государства и бизнеса.

Россельхознадзор осуществляет контроль и надзор:
- в сфере ветеринарии;
- в области обращения лекарственных средств для ветприменения;
- в сфере обращения с животными в части соблюдения требований к содержанию и использованию животных в культурно-зрелищных целях;
- в сфере карантина и защиты растений;
- в области безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами;
- в сфере обеспечения плодородия почв, качества и безопасности зерна и продуктов его переработки.