Фумигационный отряд создан в 1962 г. Госинспекцией по карантину растений Министерства сельского хозяйства СССР.

ФКП «Республиканский фумигационный отряд» входит в структуру Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору и совместно с другими подразделениями карантина растений образует единую федеральную централизованную систему организаций, обеспечивающих карантин растений.

Входит в перечень стратегических предприятий.

Основная задача ФКП РФО – обеспечение пищевой и продовольственной безопасности Российской Федерации, в первую очередь, путем сохранности собранного урожая.

Одним из важнейших направлений является комплекс мер по предотвращению распространения на территории России вредных организмов, в том числе относящихся к особо опасным карантинным вредителям, и выполнение требований стран – импортеров российской продукции. Достичь ощутимых результатов в этом деле под силу лишь подготовленным специалистам, способным компетентно оценить фитосанитарные риски и владеющих методами их предотвращения и борьбы с вредителями.