ФГБУ «ВГНКИ» осуществляет мониторинг, контроль качества и безопасности ветпрепаратов, кормов и кормовых добавок для животных, пищевой продукции, разрабатывает и аттестовывает методики на основе высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ) и масс-спектрометрии.

Учреждение депонирует и поддерживает фонд национальной коллекции штаммов микроорганизмов, используемых для изготовления и контроля препаратов ветеринарного назначения, обеспечения этими штаммами промышленных предприятий и научно-исследовательских институтов.

ФГБУ «ВГНКИ» выполняет государственные услуги в рамках регистрации лекарственных средств для ветеринарного применения и кормовых добавок, занимается подготовкой ветеринарно-сопроводительных документов для животных в целях их путешествия с хозяевами, диагностикой, профилактикой болезней домашних животных и лечением питомцев.

ФГБУ «ВГНКИ» - единственное в Российской Федерации учреждение, которое уполномочено инспектировать иностранных производителей лекарственных средств для ветеринарного применения на соответствие требованиям Правил надлежащей производственной практики (GMP).